Финансирование Академии заметно выросло по сравнению с 2024 годом, когда объем ассигнований составлял около 5,8 млрд рублей. Параллельно с притоком государственных средств в организации обострились вопросы контроля. Дебиторская задолженность по доходам от внебюджетной деятельности превысила 1,9 млрд рублей, увеличившись за год почти на 74%. Часть этой суммы приходится на просроченные долги арендаторов помещений РАН, которые превышают 8 млн рублей.

Проверка выявила ряд организационных упущений. Академия не стала взыскивать неустойки с издательства «Наука» за срыв контракта по выпуску научных журналов в 2025 году. Кроме того, аудиторы обнаружили неиспользуемые остатки субсидий на сумму 51,4 млн рублей и неэффективное распоряжение жилым фондом: из 279 закрепленных за РАН квартир 98 остаются пустыми. Эксперты также обратили внимание на недостаточную активность руководства в антикоррупционном направлении, отметив отсутствие системного повышения квалификации ответственных сотрудников.