Специалисты финансовой разведки отслеживают подозрительные операции, анализируя потоки денег и движение активов. При выявлении признаков преступлений ведомство передает собранную базу данных в налоговые службы или правоохранительные органы. Дальнейшую квалификацию действий и оценку вины фигурантов проводят уже следствие и суд в индивидуальном порядке.

Работа службы строится на плотном взаимодействии с Банком России и другими профильными структурами. В ведомстве подчеркивают, что их задача — сбор и обработка информации, тогда как окончательное решение о правовых последствиях для лиц, пытающихся скрыть доходы, остается в ведении государственных органов исполнительной и судебной власти.