Заказчик реконструкции инициировал разбирательство в октябре 2026 года, привлекши к процессу представителей федерального казначейства. Ключевым этапом спора стала судебная экспертиза, призванная оценить обоснованность затрат и объемы строительства. Представители «Новосибирскавтодора» ранее объясняли рост сметы резким скачком цен на стройматериалы в 2021 году. По их словам, корректировка стоимости проводилась строго по правительственному постановлению и прошла проверку в Главгосэкспертизе в рамках выделенных бюджетных лимитов.

Масштабное обновление Толмачево стартовало в конце 2019 года и включает три крупных контракта на общую сумму более 16 млрд рублей. Программа предусматривает модернизацию двух взлетно-посадочных полос и расширение пассажирской инфраструктуры. Первый этап — строительство терминала внутренних линий — уже завершен. Осенью 2025 года подрядчик также сдал две новые рулежные дорожки, что стало частью второго этапа реконструкции, направленной на расширение географии прямых перелетов из Новосибирска по всей стране.